Em 1962, reeleito com facilidade, Sarney vê sua previsão de fracasso do parlamentarismo se confirmar. O ano é perdido com a campanha para a volta do presidencialismo, confirmada pelo plebiscito de janeiro de 1963. Ao mesmo tempo o País se divide na discussão das reformas de base, que todos sabiam necessárias mas ninguém sabia quais eram. Abre-se uma crise gravíssima, com deterioração da economia e um paroxismo de enfrentamento político. 1964 começa com vários golpes anunciados. A dúvida é quem o dará primeiro: Leonel Brisola com as ligas camponesas, o próprio Jango, os grupos de direita ou os defensores da Constituição? Sarney é uma voz de ponderação.

Embora fazendo oposição a Jango, em março defende uma solução política para a crise que vai culminar com o golpe militar. Nos primeiros dias de abril de 1964 se opõe às primeiras cassações, sustentando a proteção constitucional dos mandatos, que só poderiam ser cassados pelo Congresso e seguindo o roteiro previsto na Constituição.