Sarney sempre deu grande importância às causas sociais. Destacou-se, nesse mandato, sua defesa da discriminação positiva no sistema educacional brasileiro. Foi de sua autoria a primeira proposta de cotas raciais apresentada ao Congresso, em 1999, que foi aprovada no Senado, mas acabou perdendo força ao ser apensada na Câmara ao Estatuto da Igualdade Racial. Seu projeto, que englobava concursos para cargos públicos em todas as esferas federativas e o Fies — Fundo de Financiamento ao Estudante do Ensino Superior (Fies), determinava que no mínimo 20% das vagas fossem reservadas para pessoas negras.

Em desacordo com o PMDB, apoiou a candidatura de Lula à Presidência da República, em 2002. Em 2006, o Amapá, pela terceira vez, elegeu Sarney como seu representante no Senado.

Entre outras propostas, Sarney trabalhou pelo Plano de Desenvolvimento Regional dos Municípios do Entorno do Parque do Tumucumaque, e pela criação da Política Nacional do Livro e de um fundo nacional para dar assistência a vítimas de violência, outra de suas causas.