O Senador José Sarney retornou à presidência da Casa, eleito por seus pares, em 2003, 2009 e 2011. Sarney promoveu duas reformas administrativas. A primeira fora em 1996. Em 2009, treze anos depois, contratou novamente a Fundação Getúlio Vargas para estudar uma reforma administrativa. Durante o estudo, descobriu-se que atos administrativos, de forma irregular, não haviam sido publicados no Boletim Administrativo Eletrônico de Pessoal (BAP), embora grande parte tivesse sido publicada no Diário Oficial.

A imprensa deu grande destaque à questão, criando um falso escândalo dos “atos secretos”. No entanto, apenas uma parcela mínima, menos de 2%, dos atos que não haviam sido publicados regularmente ocorreram enquanto Sarney exercia a presidência do Senado. Estes, em geral, foram atos da Mesa do Senado, portanto, por definição, do conhecimento público. Equivocadamente, nenhuma mídia examinou os outros 98% dos atos ou a reforma administrativa.